Municipal no recordará bien 2013 ya que durante los dos torneos del año no pudo conquistar el título y vio como lo hizo su rival eterno: Comunicaciones.
Los escarlatas comenzaron el año al mando del hondureño Ramón Maradiaga que venía de disputar la final en diciembre de 2012. El entrenador estuvo al frente del equipo en cuatro jornadas y fue separado del cargo. Su lugar lo ocupó de forma interina el uruguayo Martín Platchot, el ex jugador lo hizo en cuatro ocasiones hasta que anunciaron a su nuevo adiestrador, el chileno Fernando Díaz.
Los rojos jugaron su peor torneo corto de la historia y concluyeron en la penúltima posición con 20 puntos, los mismos que hizo Juventud Escuintleca, último lugar del certamen, pero con menor diferencial de goles.
En la segunda parte del año continuaron con el mismo entrenador y las nuevas incorporaciones, como el chileno Leonardo Monje o el argentino Lucas Concistre. Los rojos les fue mejor que el anterior torneo, ahora sumaron 44 puntos, los mismos que hizo el líder de la competencia, Comunicaciones.
En la fase final superaron a Malacateco en cuartos, pero cayeron ante Heredia que los eliminó con un 4-1 en el global y acabó la historia para Municipal.
La dirigencia separó al cuerpo técnico así como al chileno Leonardo Monje. Esta seana dará a conocer a su nuevo entrenador y los refuerzos para iniciar 2014.
