Municipal se ha enfrentado sólo una vez a equipos panameños en la Liga de Campeones de la Concacaf. La única vez que ocurrió fue en la temporada 2008-2009 cuando chocaron en dos ocasiones:
El primer juego se disputó en terreno panameño ante el Tauro con victoria para los locales 2-1. Los rojos ganaban desde los 45 minutos con gol de Guillermo Ramírez, pero Tauro le dio la vuelta al marcador con tantos de Brunet Hay a los 46 y 95.
El juego de vualta se disputó en el estadio nacional con un empate 2-2 por los locales Juan Carlos Plata a los 15 y Mario Acevedo a los 91. Por los canaleros Luis Escobar al 57 y Edwin Aguilar al 60.
Los rojos han jugado también con el Plaza Amador y Panamá Viejo pero en torneos de la Uncaf.
