Xelajú MC ha alcanzado la final de la Liga Nacional en múltiples ocasiones, logrando consagrarse campeón en 6 oportunidades. Los títulos obtenidos por los «Superchivos» son los siguientes:
- Temporada 1961-1962: Se coronó campeón tras vencer a Comunicaciones 3-2 en una final histórica.
- 1980: Se consagró campeón por diferencia de goles, superando a Juventud Retalteca y Comunicaciones.
- 1995-1996: Derrotó a Comunicaciones en una final de ida y vuelta, ganando 1-0 en la ida y empatando en la vuelta.
- Clausura 2007: Venció a Deportivo Marquense con un contundente 4-1.
- Clausura 2012: Ganó el título al derrotar a Municipal en tanda de penales.
- Clausura 2023: En una remontada épica, venció 3-2 a Antigua GFC, consiguiendo su sexto título de liga y la llamada «sexta luna».
Con estos logros, Xelajú MC se posiciona como el cuarto equipo más ganador en la historia de la Liga Nacional de Guatemala, solo por detrás de Comunicaciones, Municipal y Aurora FC.
